Mimo, że aparat rezonansu magnetycznego podobny jest do Tomografu Komputerowego to w badaniach rezonansu magnetycznego nie stosujemy promieniowania rentgenowskiego, które może być szkodliwe. Rozróżnianie tkanek i narządów w rezonansie magnetycznym odbywa się dzięki ich różnym właściwościom magnetycznym dlatego też bardzo wiele schorzeń można zdiagnozować nawet bez podania środka kontrastowego. Rezonans magnetyczny w sposób precyzyjny pokazuje nieprawidłowe zmiany w zdrowych tkankach i narządach. Szczególnie dobrze możemy obrazować ośrodkowy układ nerwowy (mózg i rdzeń kręgowy), tkanki miękkie (tkanka podskórna, mięśnie, stawy), narządy jamy brzusznej (wątroba, nerki, trzustka), narządy miednicy mniejszej (jajniki, macica, gruczoł krokowy) a także serce. Rezonans magnetyczny ma też swoje wady i ograniczenia – gorzej niż tomografia komputerowa uwidacznia kości, nie jest też badaniem zalecanym jako badanie przesiewowe.